Руководиоци немачке полиције у Берлину су одлучили да се јеврејски заточеници убију у самој Србији због чега је у Београд упућен специјални камион–гасна комора са двојицом искусних припадника полиције. Од прве половине марта до 10. маја 1942. на путу од логора на Сајмишту до припремљених јама на војном стрелишту у Јајинцима убијени су практично сви јеврејски заточеници, њих око 6.320. Иако егзекуције углавном нису вршене у самом логору, он је фактички био нека врста логора смрти. Тела убијених, као и посмртни остаци других стрељаних у Јајинцима спаљени су у акцији уклањања трагова злочина крајем 1943. и првих месеци 1944. године. По окончању убијања, највиши официри окупационе управе су се хвалили да је остало још само питање јеврејске имовине. Истицали су да је Србија прва земља у којој је „решено јеврејско и циганско питање“. Иако је Естонија била прва земља у којој су уништени Јевреји, немачки нацистички команданти у Србији су истицали своје првенство и поносили се њиме.
