Док су последње групе Јевреја почетком маја 1942. одвођене у смрт, у логор на Сајмишту почеле су да стижу прве групе заробљених партизана из Србије, а затим и групе заточеника из усташких логора. Тада је логор већ добио назив Прихватни логор Земун (Anhaltelager Semlin) и у њему је формирана нова команда. Услови заточења, пре свега потхрањеност, болести и тортура узроковали су велику смртност заточеника. Она је достизала катастрофалне размере током лета 1942. после пристизања великих група српских цивила заробљених у операцији немачких и хрватских војних снага на простору Козара–Просара.
