Први транспорти заточеника упућени су са Сајмишта ка логорима у Норвешкој већ маја 1942. Међутим, због епидемија болести и слабог „квалитета“ радне снаге, транспорти су прекинути управо у време великог прилива нових заточеника у лето 1942. Од краја августа 1942. настављено је депортовање у логоре у Норвешкој, а затим и у логор Маутхаузен. Наредне године почеле су депортације у бројне друге логоре, међу њима и у логор Аушвиц, затим у радне логоре у самој Немачкој или у окупираним земљама, укључујући Србију (логори уз руднике Бор и Трепча). Међу заточеницима су били припадници или симпатизери партизанског Народноослободилачког покрета, у много мањем броју и припадници и симпатизери ројалистичког покрета генерала Михаиловића и други противници окупације. Ипак, заточеници су углавном били радно способни мушкарци, касније и жене, са подручја све већих војних операција на територији усташке државе. Они су великом већином били Срби, али су бројни били и босански Муслимани, Хрвати, Јевреји и припадници других народа. Од јесени 1943. у логору су на кратко интернирани и италијански ратни заробљеници, а затим припадници покрета отпора из Грчке и Албаније. Тиме је логор на Сајмишту постао главни немачки прихватни логор за цели европски Југоисток.
